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Young edited this page Mar 10, 2026
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Grandeur is a nextflow workflow for working with bacterial isolates in a public health setting.
See USAGE for more information and Examples for examples.
nextflow run UPHL-BioNGS/Grandeur -profile docker --sample_sheet sample_sheet.csvAll "good" bioinformatic tools and workflows are trying to solve a problem. At UPHL, we ran into a problem that there was not a workflow that met our sequencing analysis needs for bacterial isolates.
We needed a bioinformatic workflow to replace the bench experiments for
- E. coli O and H characterization
- Shigella CadA and IpaH characterization
- Vibrio speciation
- Salmonella serotyping
We also needed something to assist our local epidemiologists in outbreak investigations
- Species agnostic core genome alignment and phylogenetic trees
- SNP matrices
- AMR gene identification
- Isolate identification
Grandeur is species-agnostic at its core, although certain organisms undergo some species-specific processes.
Grandeur includes a de novo assembly workflow, but can also run on contig/fasta files generated from other workflows. Our most common files are those generated from PHOENIX, DONUT FALLS, or downloaded from NCBI.
More information about using Grandeur and what its subworkflows do can be found in this Wiki.
If you are running into bugs or other issues, please post in the issues tracker.
outdir = "grandeur"
// Input options
reads = null
fastas = null
input = null
sample_sheet = params.input
fasta_list = null
// external files
kraken2_db = null
checkm2_db = null
mash_db = null
sylph_db = null
reference_genomes = null
// for downloading from databases
sra_accessions = []
genome_accessions = []
// thresholds and other params
minimum_reads = 10000
min_core_genes = 500
min_core_per = 0.5
// subworkflow flags
current_datasets = false
skip_extras = false
exclude_top_hit = false
msa = false
// specifying the core workflow
aligner = 'panaroo'
annotator = 'bakta'
// for qc
genome_sizes = null
Further information on each of these params and how they affect the workflow are on different pages of the wiki.
- params.outdir
- params.reads
- params.fastas
- params.sample_sheet
- params.fasta_list
- params.kraken2_db
- params.mash_db
- params.checkm2_db
- params.sylph_db
- params.reference_genomes
- params.sra_accessions
- params.genome_accessions
- params.minimum_reads
- params.min_core_genes
- params.min_per
- params.current_datasets
- params.skip_extras
- params.exclude_top_hit
- params.msa
- params.aligner
- params.annotator
- params.genome_sizes
A directory will produce files at 'grandeur' in where the command was inputted, but this can also be adjusted with 'params.outdir' or '--outdir'.
grandeur/
├── amrfinder
│ ├── 82300018-UT-M70330-230725_amrfinder.txt
│ ├── Acinetobacter_GCF_008632635.1_amrfinder.txt
│ ├── amrfinderplus.txt
│ ├── burkholderia_GCF_009586235.1_amrfinder.txt
│ ├── cronobacter_GCF_001277215.2_amrfinder.txt
│ ├── ecoli_GCA_003019175.1_amrfinder.txt
│ ├── ecoli_GCA_009738455.1_amrfinder.txt
│ ├── ecoli_GCA_023823105.1_amrfinder.txt
│ ├── kleb_GCF_000240185.1_amrfinder.txt
│ ├── kleb_GCF_003812925.1_amrfinder.txt
│ ├── kleb_GCF_015139575.1_amrfinder.txt
│ ├── legionella_GCA_001753085.1_amrfinder.txt
│ ├── myco_GCF_000195955.2_amrfinder.txt
│ ├── Neisseria_GCA_022869645.1_amrfinder.txt
│ ├── Neisseria_GCF_005221285.1_amrfinder.txt
│ ├── Neisseria_GCF_005221305.1_amrfinder.txt
│ ├── ralstonia_GCF_021173085.1_amrfinder.txt
│ ├── salm_GCA_001652385.2_amrfinder.txt
│ ├── salm_GCA_013344545.1_amrfinder.txt
│ ├── salm_GCA_019710395.3_amrfinder.txt
│ ├── shinella_GCF_020883495.1_amrfinder.txt
│ ├── SRR11725329_amrfinder.txt
│ ├── SRR13643280_amrfinder.txt
│ ├── SRR14436834_amrfinder.txt
│ ├── SRR14634837_amrfinder.txt
│ ├── SRR7738178_amrfinder.txt
│ ├── SRR7889058_amrfinder.txt
│ ├── strep1_GCA_001412635.1_amrfinder.txt
│ ├── strep1_GCA_016724885.1_amrfinder.txt
│ ├── strep1_GCA_900475035.1_amrfinder.txt
│ ├── streppneumo_GCA_000221985.1_amrfinder.txt
│ ├── streppneumo_GCA_002076835.1_amrfinder.txt
│ ├── vibrio_GCA_002953375.1_amrfinder.txt
│ ├── vibrio_GCA_004355205.1_amrfinder.txt
│ ├── vibrio_GCA_009665315.1_amrfinder.txt
│ ├── vibrio_GCA_009665515.2_amrfinder.txt
│ └── vibrio_GCA_009763645.1_amrfinder.txt
├── checkm2
│ ├── 82300018-UT-M70330-230725
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── 82300018-UT-M70330-230725_contigs.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── Acinetobacter_GCF_008632635.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── Acinetobacter_GCF_008632635.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── burkholderia_GCF_009586235.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── burkholderia_GCF_009586235.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── checkm2_summary.tsv
│ ├── cronobacter_GCF_001277215.2
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── cronobacter_GCF_001277215.2.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── ecoli_GCA_003019175.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── ecoli_GCA_003019175.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── ecoli_GCA_009738455.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── ecoli_GCA_009738455.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── ecoli_GCA_023823105.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── ecoli_GCA_023823105.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── kleb_GCF_000240185.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── kleb_GCF_000240185.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── kleb_GCF_003812925.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── kleb_GCF_003812925.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── kleb_GCF_015139575.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── kleb_GCF_015139575.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── legionella_GCA_001753085.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── legionella_GCA_001753085.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── myco_GCF_000195955.2
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── myco_GCF_000195955.2.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── Neisseria_GCA_022869645.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── Neisseria_GCA_022869645.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── Neisseria_GCF_005221285.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── Neisseria_GCF_005221285.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── Neisseria_GCF_005221305.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── Neisseria_GCF_005221305.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── ralstonia_GCF_021173085.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── ralstonia_GCF_021173085.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── salm_GCA_001652385.2
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── salm_GCA_001652385.2.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── salm_GCA_013344545.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── salm_GCA_013344545.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── salm_GCA_019710395.3
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── salm_GCA_019710395.3.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── shinella_GCF_020883495.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── shinella_GCF_020883495.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── SRR11725329
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── SRR11725329_contigs.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── SRR13643280
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── SRR13643280_contigs.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── SRR14436834
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── SRR14436834_contigs.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── SRR14634837
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── SRR14634837_contigs.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── SRR7738178
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── SRR7738178_contigs.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── SRR7889058
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── SRR7889058_contigs.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── strep1_GCA_001412635.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── strep1_GCA_001412635.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── strep1_GCA_016724885.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── strep1_GCA_016724885.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── strep1_GCA_900475035.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── strep1_GCA_900475035.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── streppneumo_GCA_000221985.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── streppneumo_GCA_000221985.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── streppneumo_GCA_002076835.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── streppneumo_GCA_002076835.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── vibrio_GCA_002953375.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── vibrio_GCA_002953375.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── vibrio_GCA_004355205.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── vibrio_GCA_004355205.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── vibrio_GCA_009665315.1
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── vibrio_GCA_009665315.1.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ ├── vibrio_GCA_009665515.2
│ │ ├── checkm2.log
│ │ ├── diamond_output
│ │ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ │ ├── protein_files
│ │ │ └── vibrio_GCA_009665515.2.faa
│ │ └── quality_report.tsv
│ └── vibrio_GCA_009763645.1
│ ├── checkm2.log
│ ├── diamond_output
│ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv
│ ├── protein_files
│ │ └── vibrio_GCA_009763645.1.faa
│ └── quality_report.tsv
├── contigs
│ ├── 82300018-UT-M70330-230725_contigs.fa
│ ├── SRR11725329_contigs.fa
│ ├── SRR13643280_contigs.fa
│ ├── SRR14436834_contigs.fa
│ ├── SRR14634837_contigs.fa
│ ├── SRR7738178_contigs.fa
│ └── SRR7889058_contigs.fa
├── drprg
│ ├── drprg_summary.tsv
│ └── myco_GCF_000195955.2
│ ├── discover
│ │ ├── denovo_paths.txt
│ │ ├── denovo_sequences.fa
│ │ ├── discover.log
│ │ └── myco_GCF_000195955.2
│ │ ├── denovo_paths.txt
│ │ ├── denovo_sequences.fa
│ │ ├── myco_GCF_000195955.2.filtered.sam
│ │ ├── pandora.consensus.fq.gz
│ │ └── pandora.pangraph.gfa
│ ├── kmer_covgs.txt
│ ├── kmer_probs.txt
│ ├── myco_GCF_000195955.2.drprg.bcf
│ ├── myco_GCF_000195955.2.drprg.json
│ ├── myco_GCF_000195955.2.filtered.sam
│ ├── pandora.consensus.fq.gz
│ ├── pandora_consensus.vcf
│ ├── pandora_genotyped.vcf
│ ├── pandora.log
│ └── pandora.pangraph.gfa
├── elgato
│ ├── elgato_summary.tsv
│ └── legionella_GCA_001753085.1
│ ├── identified_alleles.fna
│ ├── intermediate_outputs.txt
│ ├── possible_mlsts.txt
│ ├── report.json
│ └── run.log
├── emmtyper
│ ├── emmtyper_summary.tsv
│ ├── strep1_GCA_001412635.1_emmtyper.txt
│ ├── strep1_GCA_016724885.1_emmtyper.txt
│ └── strep1_GCA_900475035.1_emmtyper.txt
├── fastp
│ ├── 82300018-UT-M70330-230725_fastp.html
│ ├── 82300018-UT-M70330-230725_fastp.json
│ ├── SRR11725329_fastp.html
│ ├── SRR11725329_fastp.json
│ ├── SRR13643280_fastp.html
│ ├── SRR13643280_fastp.json
│ ├── SRR14436834_fastp.html
│ ├── SRR14436834_fastp.json
│ ├── SRR14634837_fastp.html
│ ├── SRR14634837_fastp.json
│ ├── SRR7738178_fastp.html
│ ├── SRR7738178_fastp.json
│ ├── SRR7889058_fastp.html
│ └── SRR7889058_fastp.json
├── fastqc
│ ├── 82300018-UT-M70330-230725_S8_L001_R1_001_fastqc.html
│ ├── 82300018-UT-M70330-230725_S8_L001_R1_001_fastqc.zip
│ ├── 82300018-UT-M70330-230725_S8_L001_R2_001_fastqc.html
│ ├── 82300018-UT-M70330-230725_S8_L001_R2_001_fastqc.zip
│ ├── 82300018-UT-M70330-230725_summary.csv
│ ├── fastqc_summary.csv
│ ├── SRR11725329_1_fastqc.html
│ ├── SRR11725329_1_fastqc.zip
│ ├── SRR11725329_2_fastqc.html
│ ├── SRR11725329_2_fastqc.zip
│ ├── SRR11725329_summary.csv
│ ├── SRR13643280_1_fastqc.html
│ ├── SRR13643280_1_fastqc.zip
│ ├── SRR13643280_2_fastqc.html
│ ├── SRR13643280_2_fastqc.zip
│ ├── SRR13643280_summary.csv
│ ├── SRR14436834_1_fastqc.html
│ ├── SRR14436834_1_fastqc.zip
│ ├── SRR14436834_2_fastqc.html
│ ├── SRR14436834_2_fastqc.zip
│ ├── SRR14436834_summary.csv
│ ├── SRR14634837_1_fastqc.html
│ ├── SRR14634837_1_fastqc.zip
│ ├── SRR14634837_2_fastqc.html
│ ├── SRR14634837_2_fastqc.zip
│ ├── SRR14634837_summary.csv
│ ├── SRR7738178_1_fastqc.html
│ ├── SRR7738178_1_fastqc.zip
│ ├── SRR7738178_2_fastqc.html
│ ├── SRR7738178_2_fastqc.zip
│ ├── SRR7738178_summary.csv
│ ├── SRR7889058_1_fastqc.html
│ ├── SRR7889058_1_fastqc.zip
│ ├── SRR7889058_2_fastqc.html
│ ├── SRR7889058_2_fastqc.zip
│ └── SRR7889058_summary.csv
├── grandeur_summary.tsv
├── grandeur_summary.txt
├── kaptive
│ ├── kaptive_summary.txt
│ ├── vibrio_GCA_002953375.1_table.txt
│ ├── vibrio_GCA_002953375.1_VibrioPara_Kaptivedb_K.txt
│ ├── vibrio_GCA_002953375.1_VibrioPara_Kaptivedb_O.txt
│ ├── vibrio_GCA_004355205.1_table.txt
│ ├── vibrio_GCA_004355205.1_VibrioPara_Kaptivedb_K.txt
│ ├── vibrio_GCA_004355205.1_VibrioPara_Kaptivedb_O.txt
│ ├── vibrio_GCA_009665315.1_table.txt
│ ├── vibrio_GCA_009665315.1_VibrioPara_Kaptivedb_K.txt
│ ├── vibrio_GCA_009665315.1_VibrioPara_Kaptivedb_O.txt
│ ├── vibrio_GCA_009665515.2_table.txt
│ ├── vibrio_GCA_009665515.2_VibrioPara_Kaptivedb_K.txt
│ ├── vibrio_GCA_009665515.2_VibrioPara_Kaptivedb_O.txt
│ ├── vibrio_GCA_009763645.1_table.txt
│ ├── vibrio_GCA_009763645.1_VibrioPara_Kaptivedb_K.txt
│ └── vibrio_GCA_009763645.1_VibrioPara_Kaptivedb_O.txt
├── kleborate
│ ├── kleb_GCF_000240185.1
│ │ ├── klebsiella_pneumo_complex_hAMRonization_output.txt
│ │ └── klebsiella_pneumo_complex_output.txt
│ ├── kleb_GCF_003812925.1
│ │ └── klebsiella_oxytoca_complex_output.txt
│ ├── kleb_GCF_015139575.1
│ │ └── klebsiella_oxytoca_complex_output.txt
│ ├── kleborate_results.tsv
│ └── SRR14634837
│ ├── klebsiella_pneumo_complex_hAMRonization_output.txt
│ └── klebsiella_pneumo_complex_output.txt
├── kraken2
│ ├── 82300018-UT-M70330-230725_kraken2_report.txt
│ ├── kraken2_summary.csv
│ ├── SRR11725329_kraken2_report.txt
│ ├── SRR13643280_kraken2_report.txt
│ ├── SRR14436834_kraken2_report.txt
│ ├── SRR14634837_kraken2_report.txt
│ ├── SRR7738178_kraken2_report.txt
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│ │ ├── data_log.txt
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│ │ ├── data.json
│ │ ├── Hit_in_genome_seq.fsa
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│ │ ├── results.txt
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│ │ ├── data.json
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│ ├── data.json
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│ │ ├── dataset.info
│ │ ├── input_dataset.yaml
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│ │ ├── params.txt
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│ └── SRR7889058
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│ ├── params.txt
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├── summary
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└── sylph
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├── shinella_GCF_020883495.1_sylph.tsv
├── SRR11725329_sylph.tsv
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├── vibrio_GCA_009665515.2_sylph.tsv
└── vibrio_GCA_009763645.1_sylph.tsv
Example results files for each analysis and why they matter are in a different subsection of the wiki labelled processes.
-
- AMRFINDER
- BAKTA
- CHECKM2
- CORE_GENOME_EVALUATION
- DATASETS_DOWNLOAD
- DATASETS_SUMMARY
- DRPRG
- ELGATO
- EMMTYPER
- ENA_DOWNLOAD
- FASTP
- FASTQC
- GOTREE
- HEATCLUSTER
- IQTREE
- JSON_CONVERT
- KAPTIVE
- KLEBORATE
- KRAKEN2
- MASH_DIST
- MASH_SCREEN
- MASHTREE
- MENINGOTYPE
- MLST
- MQC_PREP
- MULTIQC
- MYKROBE
- NGMASTER
- PANAROO
- PBPTYPER
- PLASMIDFINDER
- PROKKA
- QUAST
- REFERENCES
- ROARY
- SEQSERO2
- SEQSERO2S
- SEROTYPEFINDER
- SHIGAPASS
- SKA2
- SKANI_DIST
- SKANI_SKETCH
- SNPDISTS
- SPADES
- SPECIES
- SPESTIMATOR
- SUMMARY
- SYLPH
- VERSIONS